Ein Rachefeldzug quer durch das alte China. 1526: Shao Juns Assassinenorden ist beinahe komplett von den Templern ausgelöscht worden. Nach ihrer Flucht und Ausbildung bei Ezio in Italien kehrt sie nun nach China zurück, um Vergeltung zu üben. Bei sich trägt sie ein mysteriöses Kästchen, auf das die Bruderschaft es abgesehen hat. Fast 500 Jahre später erlebt ihre Nachfahrin Lisa die Ereignisse der vergangenen Epoche durch das Auslesen ihrer genetischen Erinnerungen nach, um sich ihren psychischen Problemen zu stellen. Doch ihre scheinbar wohlwollende Therapeutin hegt ganz andere, finstere Pläne mit ihr!